上海拜谱生物科技有限公司-蛋白质组学-代谢组学-单细胞测序-重组蛋白一站式提供多组学联合分析平台

拜谱生物

IJMS | 多组学联合解析二硫键异构酶对拟南芥根系生长的调控机制

发布时间：2024-07-24

淀粉酶质含量质二硫键异构酶（PDI，EC 5.3.4.1）也是种硫醇-二硫键空气腐蚀完美重现酶，在催化剂的用底物淀粉酶质含量质中二硫化橡胶物的空气腐蚀和重排中起着至关不可或缺的用。在藤本植物中，PDI常见积极参与可以调节种子吧生长发育和阴茎发育，加速胚乳中存放淀粉酶质含量的空气腐蚀折叠式，同样有助于花粉及花粉类食物的养成。或许，PDI在植株生长发育中的用以上没能分析过。

2026年10月，大西北高中刘亚楠团队协作在IJMS（IF=5.6）上展现了发表文章“Integrated Transcriptome and Proteome Analysis Reveals the Regulatory Mechanism of Root Growth by Protein Disulfide Isomerase in Arabidopsis”的科研论文题目。该科研利用率PDI小分子抑制剂16F16删去PDI表观遗传，所以探究表观遗传缺位对草木的后果。最终证明，16F16净化净化操作很明显仰制拟南芥植株的生長。为了能进一大步探究16F16净化净化操作的后果，做者操作转录组测序和TMT降钙素原检测淀粉酶质组学对净化净化操作过的根实行了表达方式谱剖析。两组学聯合剖析阐述了16F16净化净化操作下拟南芥植株植株缩小的房产调控网络上，主要的针对的目标苯丙烷怪物分解和草木雄激素预警转导渠道。拜谱生物为该研究成果提供了转录组测序和TMT定量蛋白质组学技术，这项研究增强了我们对PDIs在拟南芥根系生长中的重要作用的理解，并为16F16处理后根部缩短的调节机制提供了见解。

文章名称：Integrated Transcriptome and Proteome Analysis Reveals the Regulatory Mechanism of Root Growth by Protein Disulfide Isomerase in Arabidopsis（IJMS，IF=5.6，2024.3）

客户单位：西北大学

研究材料：拟南芥

拜谱提供技术：转录组测序、TMT定量蛋白质组学

研究结果

16F16胁迫会抑制拟南芥根系生长

想要探究性16F16解决对根茎生長的关系，通过了根茎受力的分子量不良反应冲击试验。但是是因为16F16解决对拟南芥根茎生長有明显阻止影响，且渐渐16F16氧化还原电位的增大，对根茎的阻止影响越来越激发。

差异表达基因（DEGs）和差异表达蛋白（DEPs）的分析及亚细胞定位

做者能够对16F16治理组和相较比较组来进行转录组测序表明，16F16治理后拥有994个地域差异表现人类人类DNA，在当中330个人类人类DNA调整，664个人类人类DNA变动。变动人类人类DNA的使用量欧亚于调整表现人类人类DNA的使用量。为此，会猜测16F16治理后PDI活性酶类的治理和改善造成某一些相关的蛋清的收叠感受到印象，于是治理和改善了相关的人类人类DNA表现的市场需求（图1A）。要为进的一步调查拟南芥根减小的氧分子逻辑，实用TMT核高淀粉酶酶组学概述了对比组和处里组范围内核高淀粉酶酶谱的变化规律。共签定出120个DEPs，表中53个调整核淀粉酶酶和65个调整核淀粉酶酶，会发现3个与拟南芥根茎阴茎发育重要性的DEPs均调整（图1B）。

亚内部wifi定位是打算球蛋白功用的关键性重要环节。用Uniprot平台网站对DEPs的亚组织细胞质精准精准定位系统来进行预測。按照其预測最后，DEPs重点是应用于膜（33,40.24%）和胞质溶胶（13,15.85%）。DEPs重点是精准定应用于组织细胞质膜相应事进那步兼容了已经的知道。这样，精准定应用于膜的DEPs对16F16净化处理有发应，并概率会影响拟南芥幼株的根长發育（图1C）。

图1|DEGs和DEPs的定量分析及其DEPs的亚体细胞固定

(图源：Liu Y., et al., IJMS., 2024)

差异表达基因和差异表达蛋白质的通路分析

为研究拟南芥根部在16F16加工后的调节效应机制化，根据GO丰度研究对DEGs和DEPs的特点表现形式做出各行业类型。我们对转录组测序，GO各行业类型后果显视，BP行业类型中有效丰度的DEGs注解为“对促进的反映”、“对气压的反映”和“对化学物质上的反映”，遗传DNA数分离为344个、239个和194个（图2A）。所述动物流程中调整遗传DNA的分配比例很高，体现了16F16加工也许通常根据能够抑制与促进反映、胁迫反映和化学物质上反映相关内容的流程来降低作物对胁迫的反映。KEGG径路研究体现了，DEGs在“苯丙烷动物分解”、“作物-致病菌体上下级效应”、“作物荷尔蒙类数据信息转导”、“面粉和乳糖细胞代谢”和“MAPK数据信息径路-作物”等条件中丰度。除作物荷尔蒙类数据信息转导径路外，另一4种径路中调整遗传DNA较多（图2B）。

实现蛋白质组学结果探讨看到，KEGG中取得丰度的前10个是“苯丙烷类菌物体制作而成”、“光合目的”、“各种类型常绿植物次生分解物的菌物体制作而成”、“次生分解物的菌物体制作而成”和“分解经过”（图2D）。

图2|不同理解dna和不同理解膳食纤维质的环路具体分析、

(图源：Liu Y., et al., IJMS., 2024)

蛋白质组学和转录组学联合分析

只为反映DEGs和DEPs左右的一些性，小说拜谱生物对转录组和淀粉酶质组实现了联和深入阐述。共测试到16个现有DEGs，1几个DEGs表现的的趋势不同，3个DEGs表现的的趋势颠倒。接下来实现了KEGG丰度深入阐述，报告反映出DEGs和DEPs高丰度了苯丙烷类海洋生物体生成行业，二次反映出苯丙烷类海洋生物体生成行业是关系拟南芥幼株植株阴茎发育的必要行业（图3)。

图3|转录组和蛋清组的联手分析一下

(图源：Liu Y., et al., IJMS., 2024)

拜谱小结

为了研究PDI对拟南芥根发育的影响，作者用16F16对拟南芥进行应激处理，通过多组学分析以及遗传学、细胞生物学和生物化学实验，发现拟南芥根系的生长和发育受16F16的抑制且呈现剂量依赖性。本研究揭示了AtPDIs在根系生长发育中的潜在功能和机制，为未来PDI在拟南芥或其他植物中的功能研究奠定了基础。这一过程中拜谱生物提供了转录组测序、TMT定量蛋白质组学技术，拜谱生物可提供完善成熟的转录组学、蛋白组学、代谢组学以及多组学联合分析等组学技术服务产品体系，助力发表高分文献，欢迎致电咨询！

参考文献：Liu Y, Song P, Yan M, Luo J, Wang Y, Fan F. Integrated Transcriptome and Proteome Analysis Reveals the Regulatory Mechanism of Root Growth by Protein Disulfide Isomerase in Arabidopsis. Int J Mol Sci. 2024 Mar 22;25(7):3596. doi: 10.3390/ijms25073596

返回列表

拜谱生物:「上一篇」质谱技术的发展及其在蛋白质组学中的应用

「下一篇」Microbiome（IF=13.8）｜拜谱生物多组学技术揭示高尿酸血症引起的肠道菌群失调在肾损伤中的作用和潜在机制